天然的有色水晶主要都是因為內含的離子所致色，如紫水晶、粉晶等，但是藍水晶則是因為內含礦物所致色，兩者有所不同。

　西班牙 Malaga 所出產的藍水晶是因為內含青泥石(Aerinite)而呈現藍色(一說為鎂鈉閃石(Magnesioriebeckite)，不過大多數國外網站都說是青泥石，這點尚有待繼續求證)，外型類似高溫水晶，只有錐面並無產生柱狀晶體，而且通常結晶都不大，很少有超過1.5 cm以上的。

　除此之外，巴西的藍水晶則是因為內部含有細針狀的藍色電氣石，光線在晶體內部被電氣石反射而產生藍色。